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Aproximadamente en el siglo X d.C. se desarrollaba en el actual territorio del departamento de Amazonas la cultura Chachapoyas cuya manifestación más reconocida es la impresionante Fortaleza de Kuélap.
Pese a que la presencia humana en la región data desde los 7000 años a.C., son sin duda las construcciones de los Chachapoyas, las que constituyen los monumentos más representativos de la historia local. Arquitectónicamente dominan las construcciones circulares y las paredes decoradas con frisos ornitomorfos. Las momias de la Laguna de los Cóndores y los sarcófagos enclavados en los acantilados - como los de Karajía son una muestra de la importancia de su culto a los muertos.
Según las leyendas, los Chachapoyas opusieron su tenaz resistencia frente a la expansión inca, aunque finalmente cayeron derrotados ante Túpac Yupanqui.
En los primeros años de la colonización española, Alonso de Alvarado fundó la ciudad de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas (5 de setiembre de 1538), convirtiéndose desde entonces en un punto muy importante en la región del río Marañón y de ingreso a la selva.
En los años de la independencia, los chachapoyanos decidieron apoyar la causa emancipadora y retiraron de sus cargos al subdelegado del imperio español y al obispo de Maynas. Este hecho generó una rápida respuesta que se cristalizó en la batalla de Higos Urco (6 de junio de 1821) con la victoria de los patriotas.
El departamento de Amazonas fue creado por el gobierno de Agustín Gamarra el 21 de noviembre de 1832. Más tarde, en 1866, cuando se crea el departamento de Loreto, perdió buena parte de su territorio original.
Actualmente, el valle del río Utcubamba concentra la mayor cantidad de la población del departamento y las principales actividades productivas entre las que destaca, la agricultura.
